Terdapat beberapa perubahan dari GAPEKA sebelumnya, diantaranya waktu tempuh yang semakin singkat, penambahan jumlah perjalanan KA dan layanan naik.penumpang untuk sejumlah KA yang sudah bisa dilakukan melalui Stasiun Jatinegara sebagai stasiun alternatif keberangkatan untuk warga Jakarta selain Stasiun Gambir dan Stasiun Pasar Senen.
Sejumlah jadwal KAJJ baik itu keberangkatan maupun kedatangan juga akan mengalami perubahan mulai 1 Juni 2023. Untuk itu KAI Daop 1 Jakarta menghimbau kepada seluruh Pelanggan KA yang sudah membeli tiket untuk keberangkatan pada tanggal 1 Juni dan setelahnya agar memeriksa kembali jadwal keberangkatannya sehingga tidak tertinggal ataupun salah naik KA.
Sebagai contoh KA Gumarang relasi Pasarsenen - Surabaya Pasarturi yang semula berangkat dari Stasiun Pasar Senen pukul 15.50 WIB, mulai 1 Juni 2023 nanti akan berangkat pada pukul 20.45 WIB.
Para Pelanggan yang tiba di stasiun keberangkatan agar selalu memperhatikan pengumuman-pengumuman yang disampaikan oleh Petugas Stasiun.
Seluruh calon pengguna KAJJ juga dihimbau agar mengatur waktu keberangkatannya menuju stasiun sehingga diharapkan sudah tiba 1 jam sebelum jadwal keberangkatan KA untuk menghindari sejumlah resiko salah satu nya terlambat boarding atau tertinggal KA.