Sedangkan Stasiun Lempuyangan merupakan salah satu stasiun tua yang ada di Yogyakarta. Stasiun Lempuyangan atau yang awalnya bernama Stasiun Jogja diresmikan pada 2 Maret 1872 oleh Nederlandsch Indische Spoorweg Maatschappij (NISM) yaitu instansi milik pemerintah kolonial Belanda yang bergerak pada bidang transportasi kereta api.
Stasiun Lempuyangan merupakan stasiun pertama yang dibangun di wilayah Yogyakarta, kemudian disusul Stasiun Yogyakarta.
Saat ini dalam satu bulan Stasiun Lempuyangan rata-rata melayani penumpang kereta jarak jauh sebanyak 106.748 orang berangkat dan 106.383 orang datang.
Sedangkan jumlah rata-rata penumpang kereta api commuter sebanyak 64.210 orang per bulan.
Pada kunjungan tersebut, Menhub juga mengecek progres beautifikasi yang sedang berlangsung di Stasiun Yogyakarta.