Konstruksi kota lantas dilaksanakan, hingga pembangunan selesai dilaksanakan, semua aktivitas menelan biaya hingga lebih dari USD7 juta.
Oppenheimer mulanya memperikaran proyek tersebut hanya membutuhkan 50 ilmuwan dan 50 teknisi, namun Groves menambah jumlah personil hingga 300 orang. Populasi Los Alamos saat itu, termasuk anggota keluarga personil, mencapai 3.500 orang pada 1943.
Kemudian bertambah menjadi 5.700 orang pada akhir 1944, dan bertambah lagi menjadi 8.200 orang pada akhir 1945, dan lagi-lagi bertambah menjadi 10.000 orang pada akhir 1946.
Karena proyek ini bersifat rahasia, berikut lokasinya, bayi-bayi yang lahir di Los Alamos tercatat lahir di Santa Fe pada akta kelahirannya. Los Alamos yang mulanya dibangun sebagai fasilitas pengembangan nuklir, perlahan berkembang menjadi kota betulan.
Los Alamos memiliki sekolah-sekolah untuk anak-anak para personil tim Manhattan Project, biaya sekolahnya gratis, begitu pula dengan sekolah-sekolah perawatan untuk para ibu.