Agus tidak lolos saat itu, namun ia direkomendasikan untuk mengikuti Sekolah Calon Perwira tanpa tes. Namun karena masih muda dan polos, Agus tak mengambil peluang tersebut dan malah melamar kerja sebagai satpam di pusat perbelanjaan Bogor.
Namun lagi-lagi, Agus ditolak. Tampaknya, ia memang ditakdirkan untuk menjadi perwira militer. Pada 1988, Agus kembali mengikuti tes masuk, kali ini untuk Akabri. Ia berhasil dan keluar sebagai lulusan dengan nilai terbaik kedua se-Jawa Barat.
Dari situ, perlahan tapi pasti, karier militernya terus menanjak. Ia terpilih untuk masuk ke Komando Pasukan Khusus dan bertugas di beragam wilayah Komando Daerah Militer dengan beragam jabatan.
Ada cerita menarik tentang masa muda Agus Subiyanto. Siapa sangka, pria yang kini menjadi Jenderal TNI dulu pernah ditendang oleh polisi militer. Dikutip dari Sindonews, saat itu Agus tengah berboncengan motor dengan temannya.
Agus tidak mengenakan helm. Ia dan temannya ketahuan polisi militer di pertigaan Leuwigajah, Baros. Mereka akhirnya dibawa ke Kantor Denpom di Jalan Gatot Subroto. Setibanya di kantor, seorang tentara tiba-tiba menendangnya.