Bisnis pertama Boenjamin Setiawan bergerak di bidang produksi salep. Namun sayang, usaha ini harus mengalami kebangkrutan karena dr. Boen dan rekan-rekannya belum memiliki pengalaman, terutama dalam hal pemasaran.
Pada 1966, dr. Boen kembali mendirikan sebuah pabrik obat yang nantinya menjadi cikal bakal dari Kalbe Farma, perusahaan farmasi terbesar di Indonesia saat ini. Boenjamin Setiawan bersama saudara-saudaranya yakni Khouw Lip Keng, Kliouw Lip Bing, dan Khouw Lip Swan, dan seorang teman yang berlatar belakang farmakologi bernama Jan Tan saling bekerja sama untuk memulai bisnis farmasi ini.
Bisnis yang dirintisnya di sebuah garasi depan rumahnya itu pun berhasil berkembang pesat. Bahkan, Kalbe Farma berhasil melantai di Bursa Efek Indonesia (BEI) pada 1991.
Per Juni 2022, perusahaan farmasi milik Boenjamin Setiawan ini tercatat telah memiliki aset hingga mencapai Rp25,26 triliun. Tak hanya itu, Kalbe Farma pun tumbuh menjadi sebuah grup bisnis besar yang menaungi sejumlah lini bisnis di bidang farmasi. Kalbe Farma menaungi beberapa lini bisnis seperti produksi obat-obatan, makanan sehat, fasilitas penelitian mutakhir, distribusi, pengemasan, hingga perdagangan.
Keberhasilan Kalbe Farma pun turut mendorong nilai kekayaan bersih Boenjamin Setiawan meningkat pesat. Tak disangka, bisnis yang pada mulanya hanya beroperasi di sebuah garasi rumah, kini berhasil mengantarkannya menjadi salah satu orang terkaya dan dokter paling tajir di RI.