Bradham menamai minuman berkarbonasi rasa cola manisnya dengan Pepsi-Cola pada tahun 1898. Minuman tersebut terbukti sangat populer sehingga pada tahun 1902 Bradham mendirikan Perusahaan Pepsi-Cola. Setelah bertahun-tahun mengalami kemakmuran yang moderat, perusahaan ini mengalami masa-masa sulit setelah Perang Dunia I dan direorganisasi dan digabungkan kembali pada beberapa kesempatan pada tahun 1920-an.
Pada tahun 1931 merek dagang dan aset perusahaan diambil alih oleh Charles G. Guth, pendiri Pepsi-Cola modern. Dia mendirikan Perusahaan Pepsi-Cola baru, meminta ahli kimia memformulasikan minuman yang lebih baik, mendirikan operasi pembotolan baru, dan mulai menjual botol 12 ons yang sangat sukses dengan harga lima sen. Pada tahun 1941 Perusahaan Pepsi-Cola digabung menjadi Loft, nama Loft, Inc. diubah menjadi Perusahaan Pepsi-Cola. Pada tahun 1950 Alfred N. Steele, mantan wakil presiden Perusahaan Coca-Cola, menjadi CEO.
Penekanannya pada kampanye periklanan raksasa dan promosi penjualan meningkatkan laba bersih Pepsi-Cola 11 kali lipat selama tahun 1950an dan menjadikannya pesaing utama Coca-Cola. Pada tahun 1965 Pepsi-Cola bergabung dengan Frito-Lay, Inc. , pembuat makanan ringan seperti Fritos, Doritos, keripik kentang Lay, dan pretzel Rold Gold.
Perusahaan yang baru diperbesar ini melakukan diversifikasi lebih lanjut dengan pembelian tiga jaringan restoran Pizza Hut, Inc. (1977), Taco Bell Inc. (1978), dan Kentucky Fried Chicken Corp. (1986; sekarang disebut KFC) dan Seven-Up International (1986), namun pada tahun 1997 jaringan restoran tersebut dipecah menjadi perusahaan baru yang terpisah bernama Tricon Global Restaurants, Inc.
PepsiCo kemudian mengakuisisi merek jus Tropicana dan Dole dari Seagram Company pada tahun 1998, dan pada tahun 2001 bergabung dengan Perusahaan Quaker Oats membentuk divisi baru, Quaker Foods and Beverages. Dengan merger tersebut, merek-merek populer PepsiCo termasuk Pepsi cola, produk makanan ringan Frito-Lay, Teh Lipton, jus Tropicana, minuman olahraga Gatorade, sereal Quaker Oats, dan pretzel Rold Gold.