Kapal tersebut berada di dalam zona ekonomi eksklusif Jepang, 89,4 mil laut (166 kilometer) dari kepulauan Goto.
Pemerintah China belum memberikan komentar.
Ini adalah pertama kalinya sejak 2022 Badan Perikanan Jepang menyita kapal ikan China. Kapten kapal tersebut bernama Zheng Nianli, warga negara China berusia 47 tahun. Status 10 orang lainnya di atas kapal yang bernama Qiong Dong Yu itu masih belum jelas.
“Untuk mencegah operasi penangkapan ikan ilegal oleh kapal asing, kami akan terus mengambil tindakan tegas," kata Juru Bicara Pemerintah Jepang Minoru Kihara.
Akhir tahun lalu, komentar Takaichi tentang Taiwan telah menyebabkan hubungan Jepang dan China memburuk.
China menegaskan bahwa Taiwan, yang diduduki selama beberapa dekade oleh Jepang hingga 1945, adalah wilayahnya dan tidak mengesampingkan penggunaan kekuatan militer di masa depan untuk reunifikasi.