Kemudian, aspek keamanan sistem dan perlindungan data pribadi pada PeduliLindungi menjadi prioritas Kementerian Kesehatan. Seluruh fitur PeduliLindungi beroperasi dalam suatu kerangka kerja perlindungan dan keamanan data yang disebut Data Ownership and Stewardship.
Persetujuan (consent) dari pengguna telah menjadi layer dalam setiap transaksi pertukaran data, selain metadata dan data itu sendiri, misalnya pada fitur check in di area publik, akses pada perangkat, perekaman geolokasi, dan penghapusan history penggunaan.
"Fitur-fitur tersebut dihadirkan untuk merespon kebutuhan penanggulangan Covid-19 yang semakin dinamis," katanya.
Menurut Nadia, Kementerian Kesehatan telah melakukan kerjasama strategis dengan berbagai pihak untuk memastikan sistem elektronik pada PeduliLindungi telah aman, dan telah laik digunakan.
Bersama Badan Siber dan Sandi Negara (BSSN), Kemenkes telah menerapkan sistem pengamanan berlapis, yaitu pengamanan pada aplikasi, pengamanan pada infrastruktur (termasuk pusat data) dan pengamanan data terenkripsi.