Bahlil meneruskan kuliahnya di Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi di Jayapura, kemudian bekerja di perusahaan milik negara. Selama menjadi mahasiswa, Bahlil aktif di Himpunan Mahasiswa Islam (HMI) dan dipercaya menjabat Bendahara Umum Pimpinan Nasional HMI.
Bahlil juga pernah menjabat sebagai Ketua Umum Badan Pengurus Pusat Himpunan Pengusaha Muda Indonesia (BPP HIPMI) pada periode 2015-2019 lalu.
Bersama teman-temannya, Bahlil kemudian mendirikan tiga perusahaan bernama PT Rifa Capital, PT Bersama Papua Unggul dan PT Dwijati Sukses.
Saat ini Bahlil memiliki PT Rifa Capital Holding Company dan 10 perusahaan lainnya, dan sebagian besar aktif di sektor transportasi dan properti.