Dirinya juga tercatat pernah menjabat sebagai Assistant of Vice President of Corporate Banking Group Citibank pada 1985. Periode 1990-1994, Emir menjadi General Manager Corporate Finance Division Jan Darmadi Group. Lalu, hingga Januari 1996, dirinya menduduki posisi Presiden Direktur PT Niaga Factoring Corporation, Jakarta.
Pada tahun 1998 Emir didapuk menjadi Executive Vice President Finance (CFO) Garuda Indonesia. Selama menjabat sebagai CFO Garuda, Emir berperan penting dalam restrukturisasi keuangan perusahaan hingga 2001.
Di 2003, Emir pergi dari Garuda dan bergabung dengan Bank Danamon Tbk sebagai Wakil CEO Danamon. Namun, karirnya hanya bertahan 2 tahun saja di Danamon sebelum dirinya kembali lagi ke Garuda dan menduduki posisi Dirut. Emirsyah menjadi Dirut Garuda pada periode 2005-2014.
Di Garuda, Emirsyah berusaha memperbaiki kondisi keuangan perseroan yang rugi triliunan rupiah. Emir juga mencetuskan program Quantum Leap yang mengubah budaya serta cara kerja perusahaa. Hasilnya, perseroan tersebut mendapat kepercayaan lagi dari pelanggan.
Setelahnya, Emir mengundurkan diri pada 8 Desember 2014 dan menjabat sebagai Chairman MatahariMall.com. (TYO)