Pada tanggal 20 Juni 1950, Belanda sepenuhnya menyerahkan lapangan terbang ini kepada pemerintah Indonesia. Sehingga lapangan terbang ini dioperasikan oleh AURI dan dijadikan pangkalan udara militer.
Bertepatan dengan 17 Agustus 1952, lapangan terbang ini berganti nama menjadi Pangkalan Udara Halim Perdanakusuma untuk mengenang almarhum Abdul Halim Perdanakusuma yang gugur dalam menjalankan tugasnya.
Disamping sebagai pangkalan militer, Halim juga digunakan sebagai bandar udara sipil utama di kota Jakarta bersamaan dengan Kemayoran.
Pada tahun 1974, bandar udara ini harus berbagi penerbangan internasional dengan Kemayoran karena padatnya jadwal penerbangan.
Sebagai informasi, Bandara Halim sempat ditunjuk menggantikan peranan Kemayoran yang semakin padat. Namun hasilnya justru tertuju kepada pembangunan sebuah bandar udara baru di daerah Cengkareng.