Aktif dalam berorganisasi sejak SMP itu terus dilanjutkannya hingga mengenyam bangku kuliah. Hamzah mendirikan Pergerakan Mahasiswa Islam Indonesia dan terpilih menjadi ketua.
Pada 1965, Hamzah kembali ke Pontianak dan meneruskan kuliahnya di Fakultas Ekonomi Universitas Tanjungpura mengambil jurusan ekonomi perusahaan. Di luar kampus, dia menjadi Ketua Presidium KAMI Konsulat Pontianak dan mewakili Angkatan 66 di DPRD Kalimantan Barat.
Hamzah pernah menjadi Wakil Ketua DPW Nahdlatul Ulama (NU) Kalimantan Barat. Kemudian, mewakili NU di Gedung DPR/MPR Senayan pada 1971. Setelah NU berfusi ke dalam Partai Persatuan Pembangunan, ia terpilih menjadi anggota DPR mewakili PPP.
Di PPP, ia sudah beberapa periode menjadi pengurus. Terakhir, ia menjadi salah seorang ketua DPP PPP, sebelum akhirnya terpilih menjadi Ketua Umum DPP PPP pada akhir 1998.
Pada 1998, Hamzah menjadi Menteri Negara Investasi/Kepala Badan Koordinasi Penanaman Modal (BKPM) di kabinet Presiden BJ Habibie. Sebagai hasil Pemilu 1999 terbentuk kabinet pimpinan Presiden Abdurrahman Wahid.