Sebelumnya, Kota Tidore juga sempat menjadi ibu kota provinsi perjuangan Irian Barat. Selanjutnya pada 2003, Tidore diresmikan menjadi kota dengan nomenklaturnya Kota Tidore Kepulauan.
4. Batam
Batam juga menjadi salah satu kota terbesar di Indonesia dengan luas wilayah keseluruhan yang mencapai 1.575 km². Kota ini merupakan salah satu pulau dalam gugusan Kepulauan Riau yang terletak di antara Selat Malaka dan Singapura.
Batam juga merupakan kota terbesar di Provinsi Kepulauan Riau dengan wilayah terdiri dari Pulau Batam, Pulau Rempang, Pulau Galang, dan pulau-pulau kecil lainnya di kawasan Selat Singapura dan Selat Malaka.
5. Padang
Padang adalah Ibu Kota Provinsi Sumatera Barat. Berdasarkan Perda Nomor 10 Tahun 2005, Kota Padang memiliki luas secara administratif mencapai 1.414 km². Tak hanya daratan, Kota Padang juga memiliki wilayah perairan yang berisi sekitar 19 pulau kecil. Ke-19 pulau tersebut tersebar di tiga kecamatan.
Itulah beberapa kota terbesar di Indonesia berdasarkan luas wilayahnya. Selain kota-kota tersebut, masih ada banyak kota di Indonesia yang memiliki luas wilayah yang luas serta perekonomian yang maju.