Dia menyelesaikan pendidikan Sarjana Teknik Industri Institut Teknologi Bandung (ITB) pada 1986.
Kemudian, pada 1993, Dwi mendapatkan gelar master di bidang Business Management di Asian Institute of Management di Filipina.
Dwi Pranoto mengawali karier di Bank Indonesia pada 1988. Pada 2002-2006, dia menjabat sebagai Deputi Direktur (Kepala Divisi) Office of the Governor/Departemen Manajemen Strategis dan Tata Kelola.
Selanjutnya, Direktur Departemen Pengelolaan Uang BI pada 2006-2007 dan Direktur Departemen Sumber Daya Manusia BI pada 2006-2010.
Pada 2010-2012, Dwi Pranoto menjabat sebagai Direktur Eksekutif, Kepala Unit Khusus Manajemen Informasi/Departemen Pengelolaan Sistem Informasi BI.