Museum ini dibangun di atas tanah seluas 26.500 meter persegi dan hingga saat ini mempunyai dua gedung. Gedung A digunakan untuk ruang pamer serta penyimpanan koleksi, dan Gedung B yang dikenal pula dengan sebutan Gedung Arca.
Gedung B dibuka secara resmi pada 20 Juni 2007 oleh presiden saat itu, Susilo Bambang Yudhoyono. Gedung ini selain digunakan untuk pameran juga untuk kantor, ruang konferensi, laboratorium, dan perpustakaan.
3. Punya 140 Ribu Koleksi
Museum ini memiliki banyak sekali artefak dari zaman kolonial, arca-arca kuno, prasasti, dan barang barang kuno lain yang dikategorikan dalam bentuk etnografi, perunggu, prasejarah, keramik, tekstil, numismatik, relik sejarah, buku langka dan benda berharga.
Hingga saat ini tercatat ada 140 ribu koleksi yang dimiliki Museum Nasional. Koleksi yang menarik adalah patung Bhairawa.
Patung tertinggi di Museum Nasional ini mencapao 414 centimeter (cm) merupakan manifestasi dari Dewa Lokeswara atau Awalokiteswara, yang merupakan perwujudan Boddhisatwa (pancaran Buddha) di Bumi.