Ia melanjutkan pendidikan tingginya di Universitas Gadjah Mada (UGM) dan mengambil jurusan Akuntansi pada 1977. Pada awalnya, ia ingin mengambil jurusan Kedokteran, namun keterbatasan keuangan yang dimilikinya membuatnya harus mengambil pilihan jurusan Akuntansi. Saat Perry Warjiyo lulus dari SMA Negeri 3 Surakarta pada 1976, ibunya hanya memiliki pinjaman uang sebesar Rp35.000. Setelah dikurangi biaya transportasi dari tempat tinggalnya ke Yogyakarta sebesar Rp10.000, uang tersebut hanya bersisa Rp25.000.
Sisa uang tersebut rupanya tidak bisa membiayainya untuk masuk ke Fakultas Kedokteran UGM. Perry pun lantas memilih jurusan Akuntansi UGM. Pendidikan inilah yang pada akhirnya menjadi fondasi yang membawanya menduduki jabatan tertinggi dalam otoritas moneter di Tanah Air saat ini.
Pada tahun-tahun pertama kuliahnya, Perry Warjiyo harus menghadapi masa-masa yang penuh tantangan dan perjuangan. Perry harus memenuhi kebutuhan hidupnya sendiri selama kuliah lantaran sang ibu hanya mampu membawakan beras dan lauk.
Demi memenuhi kebutuhan hidupnya selama kuliah, Perry pun harus melakoni sejumlah profesi. Ia sempat bekerja sebagai kondektur atau kenek angkutan umum rute Jogja-Prambanan. Selain itu, ia juga bekerja sampingan sebagai pengajar les Matematika untuk anak SMA. Pekerjaan itu dilakukan Perry agar ia bisa menyambung hidup selama kuliah di Yogyakarta.
Usai berhasil menyelesaikan pendidikannya di jurusan Akuntansi dan meraih gelar Sarjana Ekonomi pada 1982, Perry pun langsung melanjutkan ke jenjang S2. Ia melanjutkan pendidikan master-nya di bidang Ekonomi Moneter dan Internasional di Iowa State University, Ames USA dan lulus pada 1989. Setelah itu, di universitas yang sama, Perry Warjiyo pun berhasil meraih gelar Ph.D di bidang Ekonomi Moneter dan Internasional pada 1991.