Menag mengungkapkan pendidikan agama juga harus mengalami transformasi agar tetap relevan dengan perkembangan zaman. Ia menyampaikan bahwa tantangan utama pendidikan Islam saat ini adalah ketimpangan dalam pendanaan dan fasilitas antara sekolah umum dan madrasah atau pesantren.
"Di sekolah umum, semua fasilitas disediakan negara: tanah, gedung, buku, laboratorium, bahkan guru-gurunya dikirim pelatihan ke luar negeri. Tapi di pesantren, masih banyak yang belajar tanpa kursi, tidur dengan bantal yang sudah puluhan tahun tidak diganti," katanya.
Menurutnya, ada 42 ribu pesantren yang ada di Indonesia mayoritas dikelola oleh yayasan dengan sumber dana terbatas. Bahkan, 90 persen pesantren swasta masih bergantung pada sumbangan masyarakat tanpa dukungan pemerintah yang memadai.
Padahal, tren pendidikan global mulai mengarah ke model boarding school atau sekolah asrama. Dia juga menyebut bahwa banyak penelitian internasional yang menyimpulkan bahwa model pesantren justru memiliki keunggulan dalam pembentukan karakter dan disiplin siswa.
"Di luar negeri, tren pendidikan sekarang justru mengarah ke boarding school untuk mencetak pemimpin berkualitas. Pesantren kita sudah menerapkan ini sejak dulu, tetapi masih perlu banyak perbaikan, terutama dalam hal fasilitas dan metode pembelajaran," tuturnya.