Atmosfer inilah yang menyalurkan dampak El Nino. Panas dari air laut yang hangat menyebabkan udara di atasnya memanas dan naik, sehingga memicu terjadinya curah hujan.
Udara itu tenggelam lagi di atas air yang lebih dingin. Fenomena naik turunnya atmosfer pada akhirnya menciptakan putaran raksasa di atmosfer yang disebut Sirkulasi Walker.
Ketika air kolam hangat bergeser ke arah timur, hal itu juga menggeser terjadinya gerakan naik dan turun. Reaksi atmosfer terhadap perubahan ini mengubah pola cuaca di sejumlah wilayah.
Seringkali selama peristiwa El Nino, khususnya peristiwa El Nino yang kuat, anomali suhu permukaan laut turun dengan sangat cepat selama musim semi di Belahan Bumi Utara.
Hampir semuanya berakhir pada April atau Mei. Salah satu alasannya adalah El Nino menabur benih kehancurannya sendiri.