Selanjutnya pada November 2009 Mahendra juga sempat di tunjuk oleh Presiden Susilo Bambang Yudhono untuk menempati posisi sebagai wakil Menteri Perdagangan mendampingi Menteri Mari Elka Pangestu.
Dua tahun bersama Kementerian Perdagangan Mahendra kembali di tunjuk untuk mengisi jabatan pada posisi wakil Menteri Keuangan pada tahun 2011.
Sebagai menteri Keuangan Mahendra mendampingi Menteri Agus Martowardojo. Keahliannya berdiplomasi, bernegosiasi, dan memiliki jaringan internasional disebut-sebut menjadi alasan Presiden SBY menunjuk Mahendra kembali berada di lingkup pemerintahan.
Setelah menjabat sebagai Wakil Menteri Keuangan, pada Oktober 2013 Mahendra kembali dipercaya mengisi jabatan sebagai Kepala Badan Koordinasi Penanaman Modal.
Pada sektor perbankan Mahendra sempat menempati jabatan sebagai Direktur Utama pada Indonesia Eximbank. Selain itu dirinya juga sempat menjabat sebagai komisaris di beberapa perusahaan, diantaranya adalah PT Dirgantara Indonesia dan PT Aneka Tambang.
(IND) c