Selain itu, KAI Commuter tetap mengoperasikan 15 perjalanan dari Stasiun Palur menuju Stasiun Yogyakarta mulai pukul 04.55 hingga pukul 20.53 WIB. Di samping, ada 15 perjalanan dari Stasiun Yogyakarta menuju Stasiun Palur mulai pukul 05.30 hingga pukul 22.35 WIB.
Sedangkan Commuter Line Prameks tetap mengoperasikan sebanyak 8 perjalanan tiap harinya mulai pukul 05.25 – 17.50 WIB.
Sepanjang Mei 2024 ini, terpantau di Stasiun Yogyakarta, rata-rata pengguna di stasiun tersebut sebanyak 8.500 – 9.500 orang per hari. Maka itu, Stasiun Yogyakarta menjadi stasiun dengan volume pengguna terbanyak pada hari libur.
Untuk menghindari kepadatan di stasiun ini , KAI Commuter mengimbau pengguna Commuter Line Yogyakarta untuk naik dari stasiun lainnya seperti Stasiun Lempuyangan.
Pasalnya di stasiun ini biasanya mencatat rata-rata volume pengguna sebanyak 2.500 – 3.000 pada hari libur.