Konon El Dorado terletak jauh di Amerika Selatan. Sebagaimana cerita-cerita tentang kota misterius yang pernah ada, cerita El Dorado pun membawa sejumlah bukti kebenaran.
Salah satu bukti tentang keberadaan El Dorado sebagai kota emas ditemukan oleh penjelajah Spanyol ketika mencapai Amerika Selatan pada awal abad ke-16. Kisah ini ditulis oleh Pastor Juan de Castellanos mengenai sejarah Spanyol di Amerika dan kemungkinan ditulis di tahun 1570.
Penjelajah Spanyol ini mendengar cerita tentang suku Muisca yakni suku asli di pegunungan Andes yang saat ini disebut Kolombia. Ketika seorang kepala suku baru berkuasa, pemerintahannya dimulai dengan upacara di Danau Guatavita. Catatan mengenai upacara tersebut berbeda-beda, namun mereka secara konsisten mengatakan bahwa penguasa baru tersebut menyelimuti seluruh tubuhnya dengan emas. Ia kemudian melemparkan emas dan permata berharga yang menutupinya ke dalam danau untuk menenangkan dewa yang hidup di air.
Orang-orang Spanyol pun mulai menyebut kepala suku ini El Dorado berarti "The Golden One” atau “Si Emas”. Upacara lelaki bersepuh emas ini konon berakhir pada akhir abad ke-15 ketika El Dorado dan rakyatnya ditaklukkan oleh suku lain. Orang-orang Spanyol dan orang Eropa lainnya pun kabarnya menemukan begitu banyak emas di sepanjang pantai utara benua tersebut. Hal inilah yang membuat mereka lantas meyakini adanya suatu tempat tersembunyi di pedalaman yang kaya akan emas.
Sejatinya, orang-orang Spanyol ini tidak menemukan El Dorado secara langsung. Akan tetapi, mereka menemukan Danau Guatavita. Mereka pun mencoba mengeringkannya pada tahun 1545. Mereka menurunkan permukaannya hingga menemukan ratusan keping emas di sepanjang tepi danau tersebut. Namun harta karun lebih besar terletak di perairan yang lebih dalam sehingga sudah di luar jangkauan mereka.