Rencana Jonan ternyata tidak semulus yang dibayangkan. Beberapa pihak ternyata tidak menyetujui sarannya dengan alasan keuangan KAI yang tidak stabil. Jonan pun meyakinkan dengan bertaruh untuk mengundurkan diri jika KAI tetap rugi selama satu tahun kedepan.
Perlahan, pendapatan karyawan dinaikkan. Gaji Kepala Stasiun Gambir yang semula tidak sampai Rp3 juta, naik menjadi puluhan juta saat Jonan menjabat. Rombakan gaji ini tak terkecuali hingga pada karyawan yang menjaga palang perlintasan KAI.
Dalam perbincangan dengan Helmy Yahya di kanal YouTube Helmy Bicara, Jonan mengaku telah mengirim banyak karyawan ke luar negeri untuk belajar tata kelola bisnis kereta api. Lagi-lagi tanpa pandang bulu, selama berkompeten, ia bersedia menyekolahkan karyawannya.
Jonan juga melakukan banyak perubahan dan perbaikan seperti pemberantasan calo tiket, kewajiban membeli tiket, peningkatan kenyamanan stasiun, pemasangan AC di kereta, dan larangan merokok dan naik ke atas atap.
Dalam masa kepemimpinannya, KAI juga menjalankan banyak peremajaan sarana, dengan peluncuran kereta-kereta baru lalu mendatangkan 100 lokomotif seri CC206 untuk angkutan barang dan penumpang di Jawa.