Kegagalan yang dialaminya tak lantas membuat Boenjamin Setiawan menyerah dalam berbisnis. Ia kembali mendirikan perusahaan farmasi PT Kalbe Farma 1966. Ia merintis bisnis farmasi ini bersama saudaranya dan juga rekannya yang bernama Jan Tan. Boenjamin Setiawan mengawali bisnis ini di garasi rumahnya di Tanjung Priok, Jakarta Utara.
Berkat kerja kerasnya bersama saudara dan rekannya, Kalbe Farma pun berhasil diterima dengan baik oleh masyarakat. Boenjamin Setiawan berhasil memilih waktu yang tepat dengan membuka Kalbe Farma. Kala itu, Presiden Soeharto memudahkan izin pabrik-pabrik farmasi asing untuk berinvestasi di Indonesia, namun produk farmasi asing ini memiliki harga yang cenderung mahal. Hal inilah yang membuat Boenjamin Setiawan mendapatkan peluang untuk menghadirkan produk farmasi dengan harga yang relatif murah.
Kalbe Farma pun terus mengalami perkembangan pesat hingga menjadi salah satu perusahaan farmasi terbesar di Indonesia. Perusahaan ini juga berhasil melantai di Bursa Efek Indonesia (BEI) pada tahun 1991.
Selain Kalbe Farma, Boenjamin Setiawan juga dikabarkan menjadi pemilik dari Mitra Keluarga, salah satu jaringan rumah sakit terbesar di Indonesia yang telah go public. Jaringan rumah sakit ini menaungi sebanyak 25 rumah sakit Mitra Keluarga yang tersebar di seluruh Indonesia.
Keberhasilannya dalam membangun bisnis di bidang farmasi dan layanan kesehatan ini pun turut mendorong kekayaan Boenjamin Setiawan meningkat pesat. Ia pun berhasil masuk dalam jajaran orang terkaya di Indonesia versi majalah bergengsi Forbes. Berdasarkan data Forbes, kekayaan Boenjamin Setiawan pada 2023 tercatat mencapai USD4,8 miliar atau setara dengan Rp71,8 triliun. Dengan kekayaan tersebut, ia pun dinobatkan sebagai dokter terkaya di Tanah Air.