Pada 3 Juli 2017, Menteri Keuangan Sri Mulyani Indrawati mengangkatnya menjadi Dirjen Kekayaan Negara yang bertugas melaksanakan perumusan dan pelaksanaan kebijakan di bidang barang milik negara, kekayaan negara dipisahkan, penilaian, piutang negara dan lelang sesuai dengan peraturan perundang-undangan.
Sementara pada 12 Maret 2021, Isa ditunjuk menjadi Dirjen Anggaran yang membidangi pengelolaan keuangan negara. Dia bertugas melaksanakan perumusan dan pelaksanaan kebijakan penganggaran sesuai dengan peraturan perundang-undangan.
(Rahmat Fiansyah)