Meskipun kecepatan tinggi, dari sisi kenyamanan CR400AF memiliki cabin noise yang lebih rendah sehingga mampu meredam getaran dan suara di dalam kereta dengan lebih optimal.
Setiap rangkaian CR400AF dilengkapi dua Lightning Arrester untuk meningkatkan keamanan terhadap sambaran petir terutama di sisi peralatan tegangan tinggi.
CR400AF dilengkapi dengan dua emergency brake. Pertama disebut Emergency Brake EB yang bekerja berdasarkan perintah driver controller, fasilitas emergency brake penumpang dan kontrol kewaspadaan masinis.
Emergency brake kedua disebut Emergency Brake UB yang akan aktif berdasarkan fungsi Automatic Train Protection (ATP), pendeteksi jarak antar kereta dan pada saat power kereta dalam kondisi off / tidak bekerja.
Dengan dua sistem emergency brake ini, CR400AF menawarkan tingkat keamanan yang lebih untuk melindungi kereta pada saat terjadi kesalahan sistem maupun human error.