Dalam tindak lanjutnya, Kementerian BUMN sebagai pemegang saham memfasilitasi penandatanganan akta merger atau penggabungan yang dilakukan Direktur Utama Pelindo I Prasetyo, Direktur Utama Pelindo II, Arif Suhartono, Direktur Utama Pelindo III, Boy Robyanto, dan Direktur Pelindo IV, Prasetyadi.
Setelah penandatanganan akta, pemegang saham pun menggelar Rapat Umum Pemegang Saham Luar Biasa (RUPSLB) untuk menetapkan jajaran Komisaris dan Direksi perseroan. Melalui RUPSLB, Erick Thohir menetapkan Dewan Direksi dan Komisaris hingga nama dan tugas empat subholding Pelindo.
Adapun Jajaran Dewan Komisaris dan Direksi Pelindo:
Komisaris:
- Komisaris Independen (Plt Komisaris Utama): Marsetio
- Komisaris Independen: Irma Suryani Chaniago
- Komisaris Independen: Heru Sukanto
- Komisaris: Antonius Ranier Haryanto
- Komisaris: R. Agus H. Purnomo
- Komisaris: Didi Sumedi
- Komisaris: Sudung Situmorang
Direksi:
- Direktur Utama: Arif Suhartono
- Wakil Direktur Utama: Hambra
- Direktur Keuangan dan Manajemen Risiko: Mega Satria
- Direktur Sumber Daya Manusia dan Umum: Ihsanuddin Usman
- Direktur Strategi: Prasetyo
- Direktur Investasi: Boy Robyanto
- Direktur Pengelola: Putut Sri Muljanto.
Sementara, tupoksi yang diemban subholding Pelindo diantaranya pertama, PT Terminal Petikemas Indonesia membidangi urusan terminal peti kemas di seluruh Indonesia. Kedua, PT Pelindo Multi Terminal bertanggung jawab menangani barang di luar peti kemas.