Dalam pelaksanaannya, Kementerian Kesehatan telah melakukan kerjasama strategis dengan berbagai pihak untuk memastikan sistem elektronik pada PeduliLindungi telah aman dan laik digunakan. Bersama Badan Siber dan Sandi Negara (BSSN), Kemenkes menerapkan sistem pengamanan berlapis yaitu pengamanan pada aplikasi, pengamanan pada infrastruktur (termasuk pusat data) dan pengamanan data terenkripsi.
Sehingga dapat diaplikasikan, PeduliLindungi merupakan sistem elektronik yang andal, aman, terpercaya, dan bertanggung jawab. Sebab telah melalui penilaian aspek teknis dan legalitas dalam rangka pendaftaran sebagai penyelenggara sistem elektronik pada Kementerian Komunikasi dan Informatika, dan penempatan data di Pusat Data Nasional Kementerian Komunikasi dan Informatika.
Perlu diketahui, hal ini berawal dari sebuah laporan dari US State Department. Dalam laporan tersebut, ada lembaga swadaya masyarakat (LSM) tidak disebutkan nama atau identitasnya, mempertanyakan keamanan penyimpanan informasi yang dikumpulkan oleh PeduliLindungi dan bagaimana data tersebut disimpan dan digunakan Pemerintah.
Lalu LSM mengklaim bahwa ada petugas keamanan melakukan pengawasan tanpa surat perintah terhadap individu, dan tempat tinggal dan memantau telepon. (TYO)