Sejak 2013, Indonesia telah meminta peninjauan kembali ketentuan-ketentuan dalam perjanjian tersebut, dan saat ini negosiasi sedang berlangsung.
IJEPA berisi klausul-klausul yang berkaitan dengan perdagangan bebas barang dan jasa antara kedua negara melalui penghapusan tarif, serta penyesuaian peraturan investasi untuk menarik investor Jepang ke Indonesia. Perjanjian ini juga mencakup topik-topik spesifik seperti kekayaan intelektual, prosedur bea cukai, dan sumber daya energi/mineral. (WHY)