Namun, bangunan stasiun lama yang asli tetap dipertahankan karena ditetapkan sebagai cagar budaya oleh Unit Pusat Pelestarian dan Desain Arsitektur PT KAI. Untuk alasan kenyamanan penumpang, pihak PT KAI dan Direktorat Jenderal Perkeretaapian menyediakan skybridge pada bangunan baru stasiun.
Selain penambahan luas pelayanan stasiun, renovasi stasiun ini menghilangkan level crossing yang diubah menjadi overpass. Selain itu, stasiun baru ini dilengkapi dengan fasilitas pelayanan yang lebih baik misalnya eskalator dan lift untuk memudahkan penumpang khususnya penumpang disabilitas.
Pada lantai pertama terdapat berbagai fasilitas umum seperti Mushola, tempat wudhu, toilet pria dan wanita, toilet untuk penyandang disabilitas, ruang kesehatan, ruang laktasi, ticket control, loket, serta berbagai ruangan kantor dan pantry. Sedangkan untuk Konektivitas intermoda antar Kereta Jarak Jauh (Intercity) dan KRL terakomodir dengan adanya gate tiket di dalam area peron.
Stasiun ini akan memiliki 8 jalur dan 4 peron, dimana jalur 1 dan 2 untuk KRL arah Manggarai, jalur 3 dan 4 untuk KAJJ arah Manggarai, jalur 5 dan 6 untuk KAJJ arah Pasar Senen, dan jalur 7 dan 8 untuk KRL arah Pasar Senen.
KAI Commuter juga telah menyiapkan berbagai layanan pendukung untuk pengguna KRL di stasiun yang setiap harinya melayani 160 perjalanan KRL untuk lintas Jakarta Kota-Bekasi/Cikarang PP dan Bogor-Jatinegara PP.