Selain isu lahan, perwakilan masyarakat meminta agar Majelis Rakyat Papua (MRP) dan Dewan Perwakilan Rakyat Papua (DPRP) diberikan kewenangan penuh dalam mengawal visi pembangunan tanpa intervensi luar.
Di sisi lain, muncul desakan agar pemerintah melindungi kekayaan intelektual komunal, seperti ekspresi budaya dan pengetahuan tradisional, guna meningkatkan kesejahteraan ekonomi masyarakat lokal. Selama ini, perlindungan terhadap hak-hak komunal masyarakat Papua dinilai masih sangat minim dibandingkan dengan kekayaan intelektual personal.
Merespons hal tersebut, Mugiyanto menyinggung soal usulan pembentukan peradilan HAM khusus di Papua untuk mewujudkan keadilan sosial.
Menurutnya, berdasarkan Undang-Undang (UU) Nomor 26 Tahun 2000, pengadilan HAM saat ini hanya menangani pelanggaran HAM berat yang diputuskan oleh Komnas HAM sebagai lembaga independen.
Ia mengakui adanya kendala dalam implementasi undang-undang tersebut dan membuka ruang bagi peserta konferensi untuk memberikan rekomendasi perbaikan regulasi peradilan HAM.