Selain itu, lajur sepeda pada fase ini juga melalui Stasiun Tanah Tinggi, Stasiun Batu Ceper dan Stasiun Poris Plawad yang melayani commuter line serta Kereta Bandara.
Fase kedua mencakup pembangunan lajur sepeda di beberapa ruas jalan utama lainnya, yaitu Jalan Sudirman sepanjang 2 km, Jalan Daan Mogot sepanjang 2,92 km, Jalan Merdeka sepanjang 1 km.
Jalan Otista sepanjang 1,7, km, dan Jalan KS Tubun sepanjang 0,56 km dengan total keseluruhan 8,18 km. Fase ini melewati Stasiun Tanah Tinggi dan Stasiun Tangerang.
BPTJ mengawali pembangunan lajur sepeda pada tahun 2021 di Kota Bogor yang melintas di Jalan Raya Pajajaran dan Jalan KS. Tubun sepanjang 12,6 km.
Dilanjutkan di Kabupaten Bogor pada Tahun 2023 sepanjang 8,6 km dan telah diserahkan untuk dikelola pemerintah daerah. Pada tahun yang sama BPTJ juga telah membangun di Kota Bekasi sepanjang 11,4 km dan Kota Depok sepanjang 11,97 km.