Adapun 20 anak perusahaan yang mengelola bisnis inti dan akan masuk ke dalam empat Sub-Holding Pelindo.
Untuk PT Pelindo Terminal Peti Kemas akan mengelola yakni PT Berlian Jasa Terminal Indonesia, PT IPC Terminal Petikemas, PT Kaltim Kariangau Terminal, PT Prima Multi Terminal, PT Prima Terminal Petikemas, PT Terminal Petikemas Surabaya, dan PT Terminal Teluk Lamong. Berikutnya, PT Pelindo Multi Terminal akan mengelola PT Pelabuhan Tanjung Priok dan PT Indonesia Kendaraan Terminal Tbk.
Selanjutnya PT Pelindo Solusi Logistik akan menjadi induk bagi PT Multi Terminal Indonesia, PT Nusantara Terminal Service, PT Prima Indonesia Logistik, PT Pengembang Pelabuhan Indonesia, dan PT Prima Pengembangan Kawasan.
Dan enam anak perusahaan terakhir, yakni PT Energi Pelabuhan Indonesia, PT Equiport Inti Indonesia, PT Jasa Peralatan Pelabuhan Indonesia, PT Pelindo Marine Service, PT Pengerukan Indonesia dan PT Jasa Armada Indonesia Tbk bergabung dalam Sub-Holding PT Pelindo Jasa Maritim.
Hingga saat ini telah dilakukan pemberitahuan kepada pemegang saham minoritas, internal perusahaan dan publik, baik melalui kanal media internal Perusahaan maupun media massa pada Kamis, 2 Desember 2021. Target untuk pelaksanaan inbreng saham kepada Sub Holding yakni pada Januari 2022.