Pada 1966, dr. Boen pun kembali mendirikan sebuah pabrik obat yang menjadi cikal bakal dari perusahaan farmasi terbesar di Indonesia saat ini yakni Kalbe Farma. Boenjamin Setiawan bersama saudara-saudaranya Khouw Lip Keng, Kliouw Lip Bing, dan Khouw Lip Swan, serta seorang teman berlatar belakang farmakologi bernama Jan Tan bekerja sama memulai bisnis farmasi ini.
Bisnis yang dimulai dari sebuah garasi di depan rumahnya ini pun berhasil berkembang dan menjadi perusahaan besar hingga sekarang. Pada 1991, Kalbe Farma berhasil listing di Bursa Efek Indonesia.
Per Juni 2022, perusahaan farmasi ini tercatat berhasil memiliki aset dengan nilai mencapai Rp25,26 triliun. Sebagai grup bisnis, Kalbe Farma menaungi sejumlah lini bisnis yang bergerak di berbagai bidang seperti produksi obat-obatan, distribusi, makanan sehat, pengemasan, fasilitas penelitian mutakhir, dan perdagangan.
Adapun Kalbe Farma ini merupakan salah satu sumber kekayaan Boenjamin Setiawan. Tak disangka, bisnis yang awalnya hanya dimulai dari garasi rumah ini berhasil mengantarkannya menjadi salah satu orang terkaya di Indonesia.
Selain Kalbe Farma, Boenjamin Setiawan juga merupakan pemilik dari salah satu jaringan rumah sakit terbesar di Indonesia yang sudah diperdagangkan secara publik yakni Mitra Keluarga. Jaringan rumah sakit ini mengoperasikan sebanyak 25 rumah sakit di seluruh wilayah Indonesia. Tak heran jika Boenjamin Setiawan didapuk sebagai dokter terkaya di Indonesia 2023.