Selain itu, gurunya itu juga mengatakan bahwa pribumi tidak mungkin membangun angkatan tentara modern sendiri, karena secara fisik orang pribumi lebih pendek. Sehingga tidak mumpuni untuk menjadi tentara.
Bonar membantahnya dengan mengatakan bahwa sang guru sama saja menyebarkan mitos yang kelak akan dibantah dan dibuktikan di masa mendatang. Tak disangka-sangka, selisih pendapat dengan meneer-nya inilah yang memicunya untuk terjun ke militer.
Dia mengikuti ujian masuk KMA (Koninlijke Militaire Academie/Akademi Militer Kerajaan) demi membuktikan bahwa pendapat gurunya itu salah. Rupanya, T.B. Simatupang lulus KMA dengan gelar taruna mahkota perak karena berprestasi, khususnya di bidang teori.
Saat mengenyam pendidikan militer di KMA, T.B. Simatupang seangkatan dengan A.H. Nasution. Bonar menjalani pendidikan selama dua tahun dengan kecabangan zeni, dia lulus menjadi perwira muda yang masuk lima besar lulusan terbaik.
Belum sempat ditugaskan di KNIL atau Tentara Kerajaan Hindia Belanda, Jepang merebut kekuasaan kolonial Belanda. Bonar dan rekannya sesama perwira pribumi sempat direkrut Jepang dan ditempatkan di Jakarta dengan pangkat calon perwira.