Sahat menjelaskan penularan virus Nipah dapat terjadi melalui hewan hidup, yaitu kelelawar (Pteropus spp.), babi, dan kuda yang berasal dari India atau negara yang tertular atau belum bebas virus nipah antara lain Malaysia, Singapura, Bangladesh, dan Filipina.
Selain melalui hewan hidup, penularan virus ini juga dapat ditularkan melalui produk hewan, tumbuhan, produk tumbuhan, lingkungan, serta sarana angkut yang terkontaminasi. Meskipun hingga saat ini belum terdapat laporan kasus di Indonesia, faktor ekologi serta lalu lintas perdagangan dan pergerakan media pembawa menimbulkan potensi risiko masuknya penyakit tersebut ke wilayah Indonesia.
Dalam beberapa kejadian wabah, babi berperan sebagai inang penguat (amplifying host) yang mempercepat penularan virus kepada manusia. Setelah terinfeksi, babi dapat mengeluarkan virus dalam jumlah besar melalui saluran pernapasan, urin, dan saliva, sehingga berperan sebagai media utama penularan kepada hewan lain dan manusia.
Virus Nipah juga memiliki kemampuan bertahan dalam kondisi lingkungan tertentu, termasuk pada buah, air minum, serta permukaan yang terkontaminasi, sehingga meningkatkan risiko penularan tidak langsung.
Sumber bahan infektif ke manusia juga dapat terjadi melalui sekresi pernapasan babi atau melalui buah dan jus terkontaminasi oleh sekresi kelelawar, seperti buah kurma atau jus kurma yang tidak dipasteurisasi.