Ia kemudian mengembannya hingga tahun 2005.
Selama menjadi Ketua Muhammadiyah, Buya Syafii Maarif menanamkan pemikiran pluralisme, toleransi, kebangsaan, sosial, serta nilai-nilai keislaman.
4. Penulis
Buya Syafii Maarif juga diketahui aktif menulis.
Beberapa buku karya Buya Syafii Maarif antara lain Dinamika Islam, Islam dan Masalah Kenegaraan, serta Islam.
Atas karya-karyanya tersebut, Buya Syafii Maarif dianugerahi penghargaan Ramon Magsaysay dari Pemerintah Filipina pada tahun 2008.
5. Maarif Institute for Culture and Humanity
Setelah tidak aktif menjadi Ketum PP Muhammadiyah, Buya Syafii Maarif tetap aktif berpartisipasi dalam perkembangan Muhammadiyah, Islam dan negara Indonesia.
Kemudian, guna menguatkan pemikiran-pemikiran pluralisme, toleransi, kebangsaan, keislaman, dan sosial maka didirikanlah lembaga Maarif Institute.