Kemudian di bawah kepemimpinan Marsekal Pertama Udara Santoro Suharto pemerintah melihat kemampuan Merpati untuk berdiri sendiri. Hal ini mendorong pemerintah untuk mengurangi subsidi operasi penerbangan perintis.
Namun ternyata langkah yang diambil salah, pengurangan subsidi ini berujung kepada masalah keuangan yang cukup pelik karena penerbangan komersialnya belum beroperasi dengan mantap.
Hal ini membuat pemerintah mau tidak mau kembali turun tangan dengan memberi konsesi untuk ikut ambil bagian dalam menjalankan penerbangan jarak jauh (trunk operation), jarak sedang (semi trunk), dan jarak tidak jauh (federline operation).
Maskapai ini juga menyediakan rute internasional, seperti Pontianak-Kuching (Serawak,Malaysia) dan Palembang-Singapura. Selanjutnya, Merpati juga menjalin kerjasama dengan sejumlah perusahaan penerbangan nasional dan internasional.
Namun sayang sekali, berdasarkan keputusan Pengadilan Niaga (PN) Surabaya pada 2 Juni 2022, PT Merpati Nusantara Airlines (Persero) atau Merpati Airlines resmi dinyatakan pailit.