Pada 2016, Wahono pernah diperiksa KPK terkait kasus korupsi memberi hadiah atau janji kepada pegawai negeri pada Ditjen Pajak terkait permasalahan pajak PT EK Prima Ekspor Indonesia. Saat itu, dia diperiksa sebagai saksi.
Wahono saat itu menjabat sebagai Kepala Bidang Pemeriksaan, Penagihan, Intelijen dan Penyidikan Ditjen Pajak Khusus. Kasus itu menjerat mantan Kasubdit Bukti Permulaan Penegakan Hukum Ditjen Pajak Handang Soekarno.
Berdasarkan laman LHKPN, Wahono tercatat memiliki harta kekayaan senilai Rp14.312.289.438. Data itu disampaikan Wahono ke KPK pada 7 Februari 2022.
"Harta yang dilaporkan saudara Wahono Saputro sekitar Rp14 miliar, tapi sekali lagi dari kami di LHKPN bukan karena besar dan kecilnya, tapi karena dia nyangkut di nama perusahaan," tukas Pahala. (NIA)