Menurut Aqil, dalam menetapkan kehalalan suatu produk yang diajukan pelaku usaha, BPJPH bekerjasama dengan Lembaga Pemeriksa Halal (LPH) dan MUI. Setidaknya saat ini terdapat tiga LPH di Indonesia, yaitu: LP POM MUI yang sudah lama berdiri, LPH Sucofindo dan LPH Surveyor Indonesia.
Ketiganya telah menjalankan tugas dalam melakukan kegiatan pemeriksaan dan pengujian kehalalan produk di dalam proses sertifikasi halal. Selain itu, ada sembilan calon LPH baru yang saat ini masih dalam proses akreditasi untuk ditetapkan sebagai Lembaga Pemeriksa Halal.
“LPH ini melakukan audit pemenuhan kehalalan produk. MUI melakukan sidang fatwa halal kalau produk itu sudah diaudit LPH. Hasil sidang fatwa itu diserahkan ke BPJPH untuk diterbitkan sertifikat halal,"ujarnya.
Aqil mengatakan, dalam proses layanan sertifikasi halal, BPJPH, LPH, dan MUI merupakan satu kesatuan. Ketiganya membentuk relasi interdependensi dalam layanan sertifikasi halal di Indonesia. Masing-masing memiliki kewenangan yang berbeda, dan tidak saling intervensi.
"Masing-masing punya kewenangan. Sesuai regulasi, Komisi Fatwa MUI mengeluarkan ketetapan halal yang harus disampaikan kepada BPJPH. Selanjutnya, BPJPH menerbitkan sertifikat halal,"kata dia.