Selain itu Menag Yaqut memastikan tidak adanya peluang intervensi negara dalam keberadaan Majelis Masyayikh. Menurutnya majelis tersebut sebagai rekognisi negara terhadap kekhasan pendidikan pesantren melalui proses penjaminan mutu yang dilakukan dari, oleh, dan untuk pesantren.
"Penetapan Majelis Masyayikh ini cukup lama. Karena saya memastikan tidak ada peluang intervensi negara. Saya tidak menginginkan UU Pesantren dan turunannya menjadi peluang intervensi,"ucap Gus Yaqut begitu sapaannya.
Menurutnya, pesantren merupakan lembaga independen yang tidak boleh mendapatkan intervensi dari pihak manapun, termasuk negara. Hal ini sejalan dengan amanat Undang-Undang Nomor 18 Tahun 2019 tentang Pesantren.
"Saya menjamin dalam pelaksanaan UU Pondok Pesantren ini kita harus menutup semua peluang intervensi negara terhadap pesantren. Pesantren adalah lembaga yang independen,"ujar dia.
"Pemerintah harus hadir dalam (pengembangan) pesantren. Tetapi negara tidak boleh mengintervensi,"kata dia