Merpati Airlines tercatat memiliki kewajiban sebesar Rp10,9 triliun dengan ekuitas negatif Rp1,9 triliun per laporan audit 2020.
Sebelum dibubarkan, Merpati Airlines sebagai induk usaha, sudah tidak beroperasi sejak 2014 dan sertifikat pengoperasian atau Air Operator Certificate (AOC) yang merupakan syarat utama maskapai untuk terbang telah dicabut pada 2015.
Dalam Perjanjian Perdamaian yang disahkan oleh Pengadilan Negeri Surabaya pada 14 November 2018 disepakati pembayaran kepada pihak ketiga termasuk penyelesaian pesangon karyawan akan mulai dilakukan setelah Merpati Airlines beroperasi kembali.
Namun, sampai dengan pembatalan homologasi, satu-satunya calon investor yang menyatakan diri berminat tidak mampu menyediakan pendanaan.