Lebih lanjut, Jaksa juga menuntut PT Nindya Karya untuk bayar uang pengganti kepada negara sebesar Rp44.681.053.100. Dalam hal ini, PT Nindya Karya telah menyerahkan uang senilai Rp44,6 miliar tersebut ke KPK. Dengan demikian, PT Nindya Karya dianggap telah melunasi pembayaran uang pengganti.
Kemudian, terhadap PT Tuah Sejati, dituntut untuk membayar uang pengganti kepada negara sebesar Rp49.908.196.378. Dengan ketentuan, jika tidak membayar uang pengganti paling lama satu bulan dan diperpanjang kembali satu bulan dengan alasan yang kuat setelah putusan pengadilan berkekuatan hukum, maka harta bendanya akan disita.
PT Tuah Sejati diketahui pernah menyerahkan uang senilai Rp9 miliar ke KPK. Uang tersebut rencananya akan digunakan jaksa untuk mencicil uang pengganti senilai Rp49,9 miliar. Jaksa menuntut agar PT Tuah Sejati melunasi kewajiban uang pengganti.
Sebelumnya, PT Nindya Karya didakwa bersama-sama PT Tuah Sejati telah melakukan korupsi terkait pelaksanaan pekerjaan pembangunan Dermaga Sabang pada Kawasan Pelabuhan dan Perdagangan Bebas Sabang tahun anggaran 2004-2011. Kedua korporasi itu didakwa telah merugikan keuangan negara Rp313.345.743.535 (Rp313 miliar).
PT Nindya Karya dan PT Tuah Sejati didakwa melakukan korupsi bersama-sama dengan sejumlah pihak yakni, Heru Sulaksono selaku Kuasa Nindya Sejati Joint Operation (JO) sebagai penyedia barang dalam proyek pembangunan Dermaga Bongkar Sabang dan Almarhum Ramadhani Ismy selaku PPK pada Satuan Kerja Pengembangan Kawasan Perdagangan Bebas dan Pelabuhan Bebas Sabang.