Satu tahun kemudian yakni pada 1998, Gubernur melalui Surat Keterangan Gubernur KDKI Jakarta No. 495/1998 akhirnya mengeluarkan perintah penutupan lokalisasi paling lambat hingga Desember 1999. Barulah pada 31 Desember 1999, lokalisasi Kramat Tunggak secara resmi ditutup dengan adanya peraturan SK Gubernur KDKI Jakarta No. 6485/1998.
Setelah lokalisasi ditutup, Pemerintah Provinsi DKI Jakarta pun melakukan pembebasan lahan. Banyak gagasan yang muncul untuk menjadikan lahan bekas lokalisasi tersebut sebagai pusat perbelanjaan (mal), perkantoran, dan lain-lain. Meski demikian, Gubernur Sutiyoso justru memiliki ide untuk membuat kawasan tersebut sebagai sebuah kawasan Islamic Center atau pusat pengkajian Islam.
Gagasan tersebut pun berhasil menyatukan gagasan dari berbagai kalangan yang cukup bervariasi kala itu. Pada 24 Mei 2001, dukungan untuk membangun Jakarta Islamic Centre pun semakin menguat. Hingga akhirnya, setelah adanya dukungan dan tanggapan positif dari berbagai lapisan masyarakat, master plan pembangunan Jakarta Islamic Centre pun dibuat.
Pembangunan Masjid Raya JIC pun mulai berjalan sejak tahun 2001. Tak lama setelah itu, Masjid Raya JIC terutama bangunan utamanya kerap menjadi pusat berkumpulnya jamaah. Pembangunan JIC dikabarkan memakan biaya hingga Rp700 miliar yang digunakan untuk mendirikan bangunan masjid, gedung sosial budaya, serta rangkaian bangunan wisma untuk penginapan kantor bisnis.
Selanjutnya, pada tahun 2003 SK Gubernur tentang Pembentukan Organisasi dan Tata Kerja Badan Pengelola Jakarta Islamic Centre pun dikeluarkan. Di tahun ini pula, Gubernur Sutiyoso meresmikan Jakarta Islamic Centre sebagai Pusat Pengkajian dan Pengembangan Islam Jakarta. Pada tahun 2004, Badan Pengelola Pusat Pengkajian dan Pengembangan Islam Jakarta ini pun diangkat dan dilantik oleh Gubernur melalui SK Gubernur KDKI Jakarta Nomor 651/2004.
Sementara itu, para mantan WTS dan germo yang masih ingin tinggal di kawasan JIC pun dibina dan diberi pelatihan oleh Pemprov DKI Jakarta. Pemprov DKI Jakarta memfasilitasi para WTS ini untuk melakukan pengembangan keterampilan seperti membuat produk rumahan yang bisa dijual.
Itulah sejarah Jakarta Islamic Centre yang kini berdiri megah di kawasan Jakarta Utara tersebut. Tak hanya digunakan untuk ibadah, Jakarta Islamic Centre pun menjadi salah satu pusat peradaban Islam di Indonesia dan menjadi simbol kebangkitan Islam.