Mekanisme mediasi dilakukan melalui bantuan mediator yang disepakati kedua belah pihak secara tertulis. Tahap mediasi dilakukan paling lama 30 hari kerja sejak penandatangan kesepakatan keduanya. Penyelesaian sengketa melalui mekanisme mediasi sendiri ada setelah kesepakatan bersama yang berlaku secara tertulis, bersifat final dan mengikat.
Selanjutnya, pengaduan tidak dapat diselesaikan oleh unit pengendali mutu pelayanan dan penanganan pengaduan peserta melalui mekanisme mediasi, maka penyelesaiannya dapat diajukan ke pengadilan negeri di wilayah tempat tinggal pemohon.
"Misalnya saya merasa punya data, kok bocor, mulanya saya buka BPJS Kesehatan, prosesnya memang dimulai dengan musyawarah sampai akhirnya di bawah pengadilan. Peserta bisa mengajukan ganti rugi, ini dari sisi perdata, kalau dari sisi pemerintah bisa dipindah langsung," kata dia.
Pengawasan terhadap BPJS Kesehatan sendiri dilakukan secara eksternal dan internal. Dimana, pengawasan internal dilakukan oleh organ pengawas BPJS yang terdiri atas Dewan Pengawas dan satuan pengawas internal. Sementara pengawasan eksternal dilakukan Dewan Jaminan Sosial Nasional (DJSN) dan lembaga pengawas independen.
Dalam beleid itu pun ditegaskan bahwa dana jaminan sosial merupaka dana amanat milik seluruh peserta yang dihimpun melalui iuran dan hasil pengembangan yang dikelola manajemen.