Perseroan mulai mengembangkan struktur perusahaan modern dan menjalani periode investasi dan ekspansi.
Kemudian pada 1994, perseroan menerbitkan saham bonus, setiap pemegang dua saham lama menerima tiga saham baru.
Jumlah saham beredar setelah transaksi menjadi Rp450 juta. Perseroan kemudian mengubah nilai nominal saham dari Rp1.000 per saham menjadi Rp500 per saham pada 1996.
Kemudian pada 2001, Michael Sampoerna didapuk menjadi pemimpin Sampoerna yang merupakan generasi keempat.
Pada 2005, perusahaan rokok Philips Morris International Inc mengakuisisi saham PT HM Sampoerna Tbk atau sekitar 40 persen saham HM Sampoerna.